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标签抗体（Tag Antibody）可用于检测和纯化各种商品化表达载体上的标签序列，籍以分析检目的蛋白的表达含量及其功能。其原理是抗原—抗体反应，这些标签抗体可以高度特异地结合对应的标签融合蛋白。

亲和性标签
亲和标签大都有特异性的配基，利用这些配基可以方便的用亲和层析的方法对融合蛋白进行分离和纯化。

共同特点：

• 纯化方便，一般通过一步纯化就可以获得纯度和质量比较好的融合蛋白；
• 标签对目的蛋白的三维结构或是生物学活性影响很小；
• 标签易于切除；
• 纯化过程中可以对目的蛋白进行简单而精确的测量；
• 适用于大量不同蛋白质的表达。

Flag标签
Flag标签是由八个亲水氨基酸构成的一段寡肽，序列为Asp-Tyr-Lys-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys，可用于蛋白纯化及检测。

作用机理

• Flag序列的第二个氨基酸是酪氨酸(Tyr)，属于芳香族氨基酸，是抗原-抗体特异性反应的主要因素；
• 位于N端带负电的天冬氨酸(Asp)可辅助酪氨酸的抗原性；
• 靠近C端的六个氨基酸( Lys-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys)组成一个亲水序列，可能形成高度暴露的三位蛋白质构型在理论上可使序列达到最大的亲水性，大大增强了Flag融合标签的抗原性。

优点

• 序列短小，只用条人工合成的寡核苷酸链就可以编码；
• 结晶条件时Flag融合蛋白的构象与单纯目的蛋白的构象几乎完全相同，通常不会与目的蛋白相互作用并且通常不会影响目的蛋白的性质和功能，这样就有利用研究人员对融合蛋白进行下游研究；
• 融合有Flag标签的目的蛋白，可以直接通过Flag进行亲和层析，此层析为非变性纯化，可以纯化有活性的融合蛋白，并且纯化效率高；
• 抗Flag的抗体可有效识别Flag标签，这样就方便通过 Western blot、ELSA等方法对含有Flag的融合蛋白进行检测、鉴定；
• Flag融合标签含有一个肠激酶切割位点，肠激酶可以识别该短肽C端的五个氨基酸( Asp-Asp- Asp-Asp-Lys)，通过肠激酶处理除去标签后即可获得天然的非融合蛋白质。
• Flag标签抗体可以应用于检测和Flag标签融合蛋白的表达、细胞内定位，以及纯化或定量检测Flag融合表达蛋白等。

His标签
His-tag由人工合成的组氨酸首尾相连构成，通常由6个氨基酸（HHHHHH）组成，也有3个和8个的情况。另外，也存在一种由19个组氨酸构成的天然多聚组氨酸标签（HAT-tag)。

作用机理

• 多种宿主细胞已被证实可用于His融合标化重组蛋白，包括:细菌、酵母、哺乳动物细胞、杆状病毒感染的昆虫细胞；
• His标签能在变性条件下纯化蛋白，故己经聚集成包涵体的蛋白可溶解在适当的溶剂中(如:尿素、盐酸胍)；
• His融合标签可以很容易通过PCR技术，利用聚合酶与目的基因连接在一起。一般情况下将His融合标签添加在重组蛋白质的N端或C端，但添加在哪端需根据实际情况，最佳添加位置是针对特定蛋白而言的；
• 虽然多聚组氨酸融合标签因为分子量小且带电荷而几乎不影响蛋白质的活性，但是通常不能完全排除亲和标签影响其蛋白质活性的可能，因此一般会选择在变形条件下进行蛋白纯化来避免这种现象的发生。
• 不能用此法纯化的情况： 

①由于金属离子可被吸附到次氮基三醋酸(NTA)树脂，带金属离子中心的蛋白质不可纯化；
②由于N2NTA可被还原，在厌氧条件下也不要使用该办法。

优点

• 分子量小，只有约0.84KD，一般不影响目标蛋白的功能；
• 既可纯化疏水性强的蛋白(非离子型表面活性剂存在的条件下)，也可纯化包涵体蛋白(变性条件下)；
• 可被用于蛋白质蛋白质、蛋白质DNA相互作用研究:可应用于多种表达系统，纯化的条件温和；
• 可以和其它的亲和标签一起构建双亲和标签。

HA标签
HA融合蛋白也是一种小肽，由9个氨基酸组成( YPYDVPDYA)，其来源于流感病毒的红细胞凝集素表面抗原决定簇。对外源目的蛋白的空间结构影响较小，容易构建成标签蛋白融合到N端或者C端。易于用抗HA抗体检测和ELSA检测。

c-myc标签
C-myc标签即人原癌基因产物myc蛋白表位，是一个由11个氨基酸残基构成的小标签，其序列为 GIu-GIn-Lys-eu- le-Ser-Glu-Glu-ALeu。这11个氨基酸作为抗原表位在不同的蛋白质框架中仍可识别其相应抗体。其对应单抗既可用于C-myc融合蛋白的免疫印迹和免疫沉淀，还可用于流式细胞术分析。C-myc标签也已广泛用于在酵母、细菌、昆虫及哺乳动物等表达体系中重组蛋白的检测和鉴定。

GST标签
GST即谷胱甘肽-S-转移酶，具有解毒作用，可将谷胱甘肽中的硫基转移至含硝基或卤化物的复合物中。其天然大小为26KD。

作用机理

• 应用于原核表达：

①作为一种高度可溶的蛋白，能增加外源蛋白的可溶性；

②在大肠杆菌中大量表达，起到提高表达量的作用。

• GST标签蛋白可在温和、非变性条件下洗脱，因此保留了蛋白的抗原性和生物活性；
• GST在变性条件下会失去对谷胱甘肽树脂的结合能力，因此不能在纯化缓冲液中加入强变性剂（如：盐酸胍或尿素等）；
• GST融合蛋白已经成为分子生物学领域的基本工具，其广泛用于研究蛋白质-DNA及蛋白质-蛋白质间的相互作用，也可作为抗原用于免疫学或疫苗的研究。

非亲和标签
非亲和标签的作用不是用来纯化重组蛋白，而是用于检测重组蛋白的表达、分布，帮助重组蛋白正确折叠以及保护融合蛋白免受宿主细胞降解等。

绿色荧光蛋白( green fluorescent protein，GFP)

GFP是发光生物体内广泛存在的一类蛋白质，不需要激发即可发出一定波长的荧光，因此被广泛用于蛋白质在活细胞体内的空间定位、运动变化等的研究。

• 最新研究表明GFP融合蛋白可以通过铜离子或锌离子固相化金属层析柱纯化；
• 抗GFP的抗体也被用于GFP融合蛋白的检测。

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